Knattspyrnudeild ÍR er fjölmennasta deild félagsins og hefur aðsetur í Skógarseli 12. Deildin heldur úti öflugu yngri flokka starfi með yfir 700 iðkendur og tveimur góðum meistaraflokksliðum beggja kynja. Karlalið félagsins leikur tímabilið 2025 í Lengjudeild karla en kvennalið félagsins í 2. deild kvenna.
Knattspyrna hefur verið iðkuð óslitið hjá ÍR frá því vorið 1970, oftast af miklum krafti. ÍR-ingar hafa þó stundað knattspyrnu allt frá fyrstu árum félagsins, en lengst af með talsverðum hléum til 1970. Benedikt G. Waage fyrrverandi formaður félagsins sagði á aðalfundi ÍR 1944, að félagið hefði byrjað að æfa knattspyrnu næst á eftir KR. Strax á öðru ári ÍR, 1908, keppti fótboltaflokkur undir merkjum félagsins við KR. Á þeim tíma gekk íþróttin undir fótbolta-nafninu, orðið knattspyrna mun ekki hafa verið myndað fyrr en 1910.
